綜合保稅區擁有多種外向型功能，包括國際中轉、配送、采購和轉口貿易等。保稅物流中心/物流園區具備這些功能，并開展保稅倉儲、流通性簡單加工、包裝及增值服務等。生產物流和流通物流是保稅物流的主要分類，生產物流是進出口加工，流通物流則是進出口備貨及成品銷售區。保稅區可作為境內關外的一個臨時緩沖區，即使貿易手續不全，也可將貨物提前進入該區寄存，再處理后續過程。在雙向海外倉模式中，賣家將利潤高的貨物、貴重貨物退貨運回國內保稅倉，以安排維修處置和再銷售，從而減少退件損失。保稅區最常見的功能是加工貿易，即對貨物進行本質性加工生產。

國家級出口加工區都有單獨的海關關區代碼，是集保稅加工、物流、研發、檢測、維修等功能為一體的綜合保稅區，是政策最優、機制最活、通關最快的對外開放區域。加工貿易的保稅貨物有三類：一是供加貿（來料加工）加工成品后復出口的進口料件；二是外國商品寄售業務、外國產品維修業務、外匯免稅商品及保稅生產材料市場；三是轉口貿易貨物、外商存放貨物及國際航行船舶所需的燃料、物襯和零配件等。所有貨物進出監管區，都經過保稅倉系統的在冊管理。

保稅生產的物流系統對工廠內部的原材料、半成品、成品及零部件等進行存儲和輸送，著重于物流與實時生產的對接。區內生產線邊的庫存較低，物料需要從倉庫送到生產線，對配貨效率及頻次要求高。區內企業生產的最終產品多數是直接出口的。對于出口轉內銷的產品，需要按照特定稅號進行清關進口。無本質性加工的流通性保稅物流如消費型產品的成品進入綜合保稅區，只檢疫不檢驗，模式靈巧。

大宗物資的保稅倉中，投行可通過倉儲掌握出貨節奏并進行套利，如金屬期貨實物交割、質押、延期交貨等操作。跨境B2B電商所碰到的交付、結算及結匯等難題可以利用保稅區的特征搭建“結算倉”的交易體系。當采購方付款后，保稅倉的倉庫工作人員就把供貨商庫存移到買家庫存，以銀行支付信息作為保稅區內貨權交割的依據，使保稅倉成為進出口供給鏈的監管角色。同時，隨著綜合保稅區全面實用跨境保稅進口政策，各城市試點期間的稀缺性、政策先導優點將被拉平。

此外，保稅倉庫內管理提供多種電商倉配服務，包括貨物拍照、盤點、貼標包裝、分揀、產品組合、放宣傳頁、加固包裝、分級分選、稱重包裝等。在多個試點城市盤活了當地保稅園區的倉儲，37個大中城市的跨境電商試驗區遍及全國，為商品流通提供存儲、分揀、配送等服務，連接貿易商和消費者。隨著綜合保稅區的全面實用跨境保稅進口政策，各城市試點期間的稀缺性、政策先導優點將被拉平。