FBA收費高昂，除了倉儲費、合倉費（如果賣家指定所有產品發到一個倉庫）、配送費外，數據報告顯示相關各種費用甚至可能占銷售額很大一部分。因此，在支付了亞馬遜的配送費等費用后，賣家必須確保產品仍有盈利空間。

長期倉儲費高企。對于存放6個月以內的倉儲費，賣家通常可以接受。然而，如果產品存放時間超過6個月，甚至長達12個月，倉儲費甚至可能高于產品售價。這意味著亞馬遜更傾向于銷售產品而非單純存儲商品。

許多隱性損失不容忽視。例如，由于FBA退貨流程簡便，客戶輕易發起退貨退款導致退款率上升。即使客戶因沖動購買或對包裝不滿而退貨，賣家也可能遭受損失。

準備產品供FBA運輸對新手賣家而言可能頗具挑戰。亞馬遜對產品準備和運送有嚴格指導，賣家必須了解并遵守。產品信息需準確輸入亞馬遜數據庫，標簽需正確貼附，并運至指定倉庫。否則，亞馬遜可能拒絕接收產品。

跟蹤庫存變得復雜且需要耐心。亞馬遜后臺提供多個渠道以查看不同狀態的庫存，但沒有一個渠道能提供全面視圖。這意味著賣家需要合并多個表格以全面了解產品狀況。這對數據分析能力及耐心提出要求。

部分地區會收取營業稅。以美國站為例，每個州都有不同的營業稅征收規則。亞馬遜在多個州設有配送中心，且會不斷在倉庫間轉移庫存。這意味著產品在A州儲存時，一旦售出，就必須按A州的規則交稅。

混合商品可能帶來更多損失。為了提高效率，亞馬遜提供將產品與其他購買者的相同產品混合或合并的選項。然而，不道德的賣家可能會寄送假冒或損壞的產品，影響正常銷售甚至導致封店。

亞馬遜對庫存績效有嚴格要求，分數過低可能導致無法備貨到FBA。系統更新分數較慢，如果產品銷量突然提升而分數未更新，賣家將面臨斷貨風險。在銷售初期，這可能帶來致命打擊。

盡管FBA存在諸多缺點，但Kris仍認為對于中小賣家而言，其利大于弊，因此仍建議使用該方式。